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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
23/08/2012 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MAÍRA R. RODRIGUES, UFMG; GISELE O. L. RODRIGUES, UFMG; HERON O. HILÁRIO, UFMG; RAONI A. SOUZA, Fundação Ezequiel Dias, MG; ANDREAS TAUCH, Bielefeld University; ANDERSON MIYOSHI, UFMG; GLAURA C. FRANCO, UFMG; VASCO AZEVEDO, UFMG; GLÓRIA R. FRANCO, UFMG. |
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Título: |
KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012. |
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DOI: |
10.1093/nar/gks490 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Ferramenta web; Genomas. |
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Thesagro: |
Atividade Enzimática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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001 1932006
005 2020-01-08
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520 $aThe enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org.
650 $aBioinformatics
650 $aGenome
650 $aAtividade Enzimática
653 $aBioinformática
653 $aFerramenta web
653 $aGenomas
700 1 $aRODRIGUES, M. R.
700 1 $aRODRIGUES, G. O. L.
700 1 $aHILÁRIO, H. O.
700 1 $aSOUZA, R. A.
700 1 $aTAUCH, A.
700 1 $aMIYOSHI, A.
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700 1 $aAZEVEDO, V.
700 1 $aFRANCO, G. R.
773 $tNucleic Acids Research, Oxford$gv. 40, p. W491-W497, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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URL |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 1. |  | DELAAT, D. M.; CARNEIRO, N. P.; GUIMARAES, C. T.; OLIVEIRA, G. C.; FRANCO, G. R. Identificação de genes diferencialmente expressos nas folhas de uma linhagem de milho (Zea mays) resistente à seca em resposta ao déficit hídrico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia, SP. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 318.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 3. | | MOURÃO, M. M.; BITAR, M. L.; LOBO, F. P.; GRYNBERG, P.; BORONI, M.; WAISBERG, M.; MACEDO, A. M.; MACHADO, C. R.; FRANCO, G. R. Revealing new perspectives on the regulation of gene expression by the trans-splicing mechanism in Shistosoma mansoni. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 4. | | LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 5. | | LOBO, F. P.; GONÇALVES, D. L.; ALVES JÚNIOR, S. L.; GERBER, A. L.; VASCONCELOS, A. T. R. de; BASSO, L. C.; FRANCO, G. R.; SOARES, M. A.; CADETE, R. M.; ROSA, C. A.; STAMBUK, B. U. Draft genome sequence of the D-xylose-fermenting yeast Spathaspora arborariae UFMG-HM19.1AT. Genome Announcements, Washington DC, v. 2, n. 1, p. 1-2, Jan./Feb. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 6. | | MOURÃO, M. de M.; BITAR, M.; LOBO, F. P.; PECONICK, A. P.; GRYNBERG, P.; PROSDOCIMI, F.; WAISBERG, M.; CERQUEIRA, G. C.; MACEDO, A. M.; MACHADO, C. R.; YOSHINO, T.; FRANCO, G. R. A directed approach for the identification of transcripts harbouring the spliced leader sequence and the effect of trans-splicing knockdown in Schistosoma mansoni. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, v. 108, n. 6, p. 707-717, Sept. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 7. | | BITAR, M.; DRUMMOND, M. G.; COSTA, M. G. S.; LOBO, F. P.; CALZAVARA-SILVA, C. E.; BISCH, P. M.; MACHADO, C. R.; MACEDO, A. M.; PIERCE, R. J.; FRANCO, G. R. Modeling the zing finger protein SmZF1 from Schistosoma mansoni: Insights into DNA binding and gene regulation. Journal of Molecular Graphics and Modelling, New York, v. 39, p. 29-38, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 8. | | VIEIRA, H. G. S. V.; GRYNBERG, P.; BITAR, M.; PIRES, S. da F.; HILÁRIO, H. O.; MACEDO, A. M.; MACHADO, C. R.; ANDRADE, H. M. de; FRANCO, G. R. Proteomic analysis of Trypanosoma cruzi response to ionizing radiation stress. Cell Reports, v. 9, p. 378-390, 2014. (Open Acess)| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | ABREU, J. T.; MOURÃO, M. M.; SANTOS, C. E.; VELOSO, C. J. M.; RESENDE, J. S.; FLATSCHART, R. B.; FOLGUERAS-FLATSCHAR, A. V.; JUNIOR, S. N.; SANTORO, M. M.; MENDES, A. C. R.; FRANCO, G. R.; SILVA, A.; CAMPOS, A. B.; FERNANDEZ, S. Molecular studies of the brazilian infectious bronchitis virus isolates. Revista Brasileira de Ciência Avícola, Campinas, v. 12, n. 2, p. 107-110, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | RUIZ, J. C.; D'AFONSECA, V.; SILVA, A.; ALI, A.; PINTO, A. C.; SANTOS, A. R.; ROCHA, A. A. M. C.; LOPES, D. O.; DORELLA, F. A.; PACHECO, L. G. C.; COSTA, M. P.; TURK, M. Z.; SEYFFERT, N.; MORAES, P. M. R. O.; SOARES, S. C.; ALMEIDA, S. S.; CASTRO, T. L. P.; ABREU, V. A. C.; TROST, E.; BAUMBACH, J.; TAUCH, A.; SCHNEIDER, M. P. C.; McCULLOCH, J.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; ZERLOTINI, A.; DOMINITINI, A.; RESENDE, D. M.; COSER, E. M.; OLIVEIRA, L. M.; PEDROSA, A. L.; VIEIRA, C. U.; GUIMARAES, C. T.; BARTHOLOMEU, D. C.; OLIVEIRA, D. M.; SANTOS, F. R.; RABELO, E. M.; LOBO, F. P.; FRANCO, G. R.; COSTA, A. F.; CASTRO, I. M.; DIAS, S. R. C.; FERRO, J. A.; ORTEGA, J. M.; PAIVA, L. V.; ALMEIDA, J. F.; GOULART, L. R.; FERRO, M. I. T.; CARNEIRO, N. P.; FALCÃO, P. R. K.; GRYNBERG, P.; TEIXEIRA, S. M. R.; BROMMONSCHENKEL, S.; OLIVEIRA, S. C.; MEYER, R.; MOORE, R. J.; MIYOSHI, A.; OLIVEIRA, G. C.; AZEVEDO, V. Evidence for reductive genome evolution and lateral acquisition of virulence functions in two Corynebacterium pseudotuberculosis strains. Plos One, San Francisco, v. 6, n. 4, p. 1-16, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 11. | | VASCONCELOS, A. T. R.; FERREIRA, H. B.; BIZARRO, C. V.; BONATTO, S. L.; CARVALHO, M. O.; PINTO, P. M.; ALMEIDA, D. F.; ALMEIDA, L. G. P.; ALMEIDA, R.; ALVES-FILHO, L.; ASSUNÇÃO, E. N.; AZEVEDO, V. A. C.; BOGO, M. R.; BRIGIDO, M. M.; BROCCHI, M.; BURITY, H. A.; CAMARGO, A. A.; CAMARGO, S. S.; CAREPO, M. S.; CARRARO, D. M.; CASCARDO, J. C. de M.; CASTRO, L. A.; CAVALCANTI, G.; CHEMALE, G.; COLLEVATTI, R. G.; CUNHA, C. W.; DALLAGIOVANNA, B.; DAMBRÓS, B. P.; DELLAGOSTIN, O. A.; FALCÃO, C.; FANTINATTI-GARBOGGINI, F.; FELIPE, M. S. S.; FIORENTIN, L.; FRANCO, G. R.; FREITAS, N. S. A.; FRÍAS, D.; GRANGEIRO, T. B.; GRISARD, E. C.; GUIMARÃES, C. T.; HUNGRIA, M.; JARDIM, S. N.; KRIEGER, M. A.; LAURINO, J. P.; LIMA, L. F. A.; LOPES, M. I.; LORETO, E. L. S. MADEIRA, H. M. F.; MANFIO, G. P.; MARANHÃO, A. Q.; MARTINKOVICS, C. T.; MEDEIROS, S. R. B.; MOREIRA, M. A. M.; NEIVA, M.; RAMALHO-NETO, C. E.; NICOLÁS, M. F.; OLIVEIRA, S. C.; PAIXÃO, R. F. C.; PEDROSA, F. O.; PENA, S. D. J.; PEREIRA, M.; PEREIRA-FERRARI, L.; PIFFER, I.; PINTO, L. S; POTRICH, D. P.; SALIM, A. C. M.; SANTOS, F. R.; SCHMITT, R.; SCHNEIDER, M. P. C.; SCHRANK, A.; SCHRANK, I. S.; SCHUCK, A. F.; SEUANEZ, H, N.; SILVA, D. W.; SILVA, R.; SILVA, S. C.; SOARES, C. M. A.; SOUZA, K. R.; SOUZA, R. C.; STAATS, C. C.; STEFFENS, M. B. R.; TEIXEIRA, S. M. R.; URMENYI, T. P.; VAINSTEIN, M. H.; ZUCCHERATO, L. W.; SIMPSON, A. J. G.; ZAHA, A. Swine and poultry pathogens: the complete genome sequences of two strains of Mycoplasma hyopneumoniae and a strain of Mycoplasma synoviae. Journal of Bacteriology, Washington, v. 187, n. 16, p. 5568-5577, Aug. 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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